ごく一部の環境で、ファイルリストを「ファイル名順」にソート（並び替え）すると順番がバラバラになる問題があるとの報告を頂いております。作者の環境で確認した限り正常にソートされるため、原因についてはまだ分かっていません。
なお、Shupapan では、ファイルをまとめて取得する際に、Finder 上での並び順が適用されないため、ファイルをドラッグ＆ドロップした時点では、ファイルリストに登録される順番が、Finder 上での並び順とは異なることがあります。
ファイルリストの順番を変更する場合は、ファイルを全てファイルリストにドラッグ＆ドロップした後に、メインウィンドウの「未指定（ドラッグ＆ドロップ順）」と書かれているポップアップメニューから、ファイルリストの並び順を選択してください。
補足：プログラムの仕様上、桁数の異なる連番を考慮して数字順に並び替える事はできません。そのため、桁数の異なる連番を含むファイル名では、Finder の並び順とは異なる事があります。